Dans Vampire Knight :
Yūki est la fille adoptive du directeur de l'Académie Cross, Cross Kaien, et fait parti du comité disciplinaire de l'école (nommés Gardiens) avec son meilleur ami, Kiryū Zero. Toujours joyeuse et enjouée, son passé est néanmoins taché de sang et de tragédie.
Elle ne se souvient plus de sa petite enfance. Son premier souvenir est l'attaque d'un vampire, souhaitant la vider de son sang, avant d'être sauvé par Clan Kaname, un Sang-Pur.
Depuis ce jour, elle est très reconnaissante envers Kaname. Elle éprouve même des sentiments très forts pour lui, au détriment de Zero qui ne voit qu'elle.
C'est également la toute première victime de Zero. Elle le voit en effet rongé par la soif, avant de sentir ses crocs percer sa peau. Plus tard, elle proposera à Zero de boire son sang lorsqu'il en a besoin, ce dernier ne supportant pas les Blood Tablets.
Elle veut aider son ami plus que tout, se mettant souvent en danger.
Ses sentiments envers le juene homme restent cependant encore inconnus, bien que ce dernier l'ait par deux fois embrassée. Yuki a fait un pacte avec Zero : si ce dernier venait à régressé au level E, elle serait celle qui devra le tuer.
Son arme est le bâton d'Artemis, qui est extensible, qu'elle a reçu par l'académie Cross.
Dans Vampire Knight Guilty :
Yūki est une des rares personnes persuadées que Zero n'a pas tuer Shizuka. Elle prend donc sa défense devant les représentants du Conseil des Vampires et de l'Assemblée des Hunters.
Plus tard, son passé est révélé. Dix ans avant que l'histoire ne débute, la famille Clan fut attaquée par leur oncle, Clan Rido. La mère de Yūki, Jūri, souhaitant que sa fille vive en tant qu'humpaine, scella sa mémoire, ses pouvoirs et son sang pur par un sort qui lui coûta la vie.
C'est le directeur Cross qui s'en occupa après ces évènements.
Alors que Zero tombe vers le Level E, Yūki est perturbée par des visions : elle se retrouve encerclée par des litres de sang.
Kaname vient à lui avouer ses sentiments, il l'aime. Mais il affirme que Yūki n'est pas ce qu'elle semble être. En effet, après avoir bus son sang, Kaname réveillé le côté vampirique de la pauvre enfant. Yūki découvre qu'elle n'est autre que la fille perdue des Clan, la plus noble, la plus ancienne et la plus pure famille de vampires qui soit. Personne n'est au courant de son existence, le fait est que, durant son enfance, ses parents l'ont enfermée dans une chambre pour cacher jusqu'à même son existence.
Kaname n'est pas seulement son frère, c'est actuellement son fiancé en tant que vampires de sang pur. Cette soudaine révélation laisse la jeune fille dans un profond désarroi, et elle n'est plus sûre de ses sentiments envers lui.
Sa relation avec Zero devient plus étroite, mais quand ce dernier apprend que Yūki est une sang pur, il pose son Bloody Rose sur le coup de la jeune fille. Profondement blessée, Yūki lui confie qu'elle sent sa partie humaine céder sous la domination de sa partie vampire. Zero lui dit alors qu'elle n'est plus la fille qu'il connaissait.
